Ngày 8 tháng 3 năm 1960, Ban Thường trực Trung ương Hội Liên hiệp Phụ nữ Việt Nam (LHPNVN) ra Quyết nghị thành lập Trường Phụ vận Trung ương, với chức năng đào tạo, bồi dưỡng nâng cao trình độ của đội ngũ cán bộ của Hội LHPNVN các cấp và cán bộ làm công tác Phụ vận ở các ngành. Nhiệm vụ của trường là nâng cao trình độ lý luận và nhận thức tư tưởng cho học viên về cách mạng xã hội chủ nghĩa, bồi dưỡng nghiệp vụ công tác Hội kịp thời đáp ứng tình hình nhiệm vụ trung tâm của Đảng và phong trào phụ nữ.[4]

Ngay sau khi có nghị quyết thành lập, bộ máy tổ chức và cán bộ Trường cũng đã được thành lập với hơn 10 người, dưới sự chỉ đạo trực tiếp của Đảng, Đoàn và Ban Thường trực Hội LHPNVN. Ban phụ trách, cán bộ, công nhân viên của Trường được điều động từ các Ban của Trung ương Hội và các địa phương. Trong khi chưa có địa điểm, Ban phụ trách trường đã mượn Trường Trung cấp Nông nghiệp Trung ương (tại thị trấn Văn Điển, Thanh Trì, Hà Nội) làm địa điểm để tổ chức khóa học đầu tiên, khai giảng vào ngày 20 tháng 5 năm 1960 với tổng số 126 học viên. Đến cuối năm 1961, trường đã mở được 2 khóa học.

Năm 1962, Trường được Nhà nước cho phép xây dựng địa điểm tại phường Láng Thượng, quận Đống Đa, Hà Nội. Sau khi hoàn thành việc xây dựng cơ sở vật chất, trường bắt đầu kiện toàn bộ máy tổ chức bao gồm Ban lãnh đạo, bộ phận nội dung và bộ phận phục vụ. Từ một tổ Đảng, trường đã thành lập một chi bộ Đảng trực thuộc Đảng uỷ cơ quan Trung ương Hội LHPNVN và thành lập tổ công đoàn trực thuộc Công đoàn cơ quan Trung ương Hội LHPNVN.

Tháng 4 năm 1962, khóa học đầu tiên theo chương trình dài hạn với nội dung học là Lý luận chính trị và nghiệp vụ phụ vận dã được khai giảng. Năm 1964, để đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ của sự nghiệp cách mạng và phong trào phụ nữ, Ban Thường trực Trung ương Hội LHPNVN quyết định đổi tên Trường Phụ vận Trung ương thành Trường Cán bộ Phụ nữ Trung ương với nhiệm vụ đào tạo, bồi dưỡng đội ngũ cán bộ chuyên trách công tác Hội các cấp. Việc điều hành và quản lý trường thời kỳ này do hai cán bộ lãnh đạo Hội LHPNVN phụ trách. Trường đã thành lập phòng Tổ chức cán bộ, hành chính quản trị, phân hiệu bổ túc văn hoá và bộ phận nội dung. Thời kỳ này, bộ phận nội dung đã thành lập được các tổ bộ môn gồm triết học, kinh tế chính trị, lịch sử Đảng, đường lối chính sách, quản lý kinh tế, phụ vận. Đây chính là tiền đề cho việc thành lập các khoa chuyên môn sau này.

Từ năm 1960-1964, trường đã tổ chức được 4 khóa đào tạo, bồi dưỡng với tổng số học viên là 600 người, trong đó có 301 học viên lớp dài hạn.

Giai đoạn từ năm 1964-1975 là thời kỳ củng cố và phát triển của trường. Năm 1965, bộ máy của trường được củng cố và kiện toàn. Ban giám đốc bao gồm 3 đồng chí, trong đó có 1 đồng chí giám đốc và 2 đồng chí phó giám đốc. Cùng với đó, các tổ bộ môn được hình thành, bao gồm tổ chính sách, tổ Triết học, tổ Kinh tế, tổ Phụ vận cùng với các phòng như Hành chính quản trị, thư viện. Cũng trong giai đoạn này, để đáp ứng tình hình cách mạng và nhu cầu đào tạo cán bộ miền Nam, trường Lê Thị Riêng đã được thành lập vào ngày 8 tháng 3 năm 1969.

Đến năm 1971, bộ máy tổ chức ngày càng được hoàn thiện để thực hiện chương trình đào tạo lý luận trung cấp. Từ các tổ bộ môn, trường đã hình thành các khoa: Triết học, kinh tế chính trị và quản lý kinh tế, chủ nghĩa xã hội khoa học, lịch sử Đảng và xây dựng Đảng, nghiệp vụ phụ vận. Đội ngũ cán bộ giáo viên của trường ngày càng tăng cường về chất lượng khi cán bộ từ các trường lý luận chính trị của Bộ Giáo dục và Ban Tuyên huấn Trung ương được tăng cường bổ sung.

Trong thời gian này, tình hình chiến tranh phá hoại của Mỹ diễn ra ác liệt, trường đã tổ chức đi sơ tán để bảo toàn lực lượng. Cán bộ, công nhân viên của trường đã khắc phục khó khăn, nguy hiểm thực hiện đào tạo tại chỗ, kịp thời đáp ứng nhu cầu huấn luyện, bồi dưỡng cán bộ tại địa phương. Trường đã tổ chức 2 khóa huấn luyện ở Việt Bắc và một lớp bồi dưỡng ở Hòa Bình.

Năm 1972, Ngoài việc đào tạo cán bộ Hội phụ nữ trong nước, trường đã tổ chức huấn luyện cho 133 cán bộ phụ nữ nước Cộng hòa Dân chủ Nhân dân Lào. Nhiều học viên của Lào tham dự các khóa bồi dưỡng tại trường sau này đã giữ cương vị chủ chốt lãnh đạo phong trào phụ nữ Lào từ Trung ương đến địa phương.

Trước yêu cầu và nhiệm vụ cách mạng trong giai đoạn mới đòi hỏi phải xây dựng đội ngũ cán bộ có trình độ và năng lực, tổ chức bộ máy, đội ngũ cán bộ giáo viên và công nhân viên của Trường cũng không ngừng được xây dựng, củng cố và phát triển. Trường đã thành lập thêm Phòng Tổ chức - Giáo vụ. Tổng số cán bộ giáo viên của trường lúc này lên đến 60 người. Năm 1984, trường Lê Thị Riêng được đổi tên thành Trường Cán bộ Phụ nữ Phân hiệu II với bộ máy tổ chức gồm Ban giám đốc và 2 bộ phận là Hành chính quản trị và Tổ chức cán bộ, với tổng số 29 cán bộ công nhân viên. Khoảng thời gian tiếp theo, trường tiếp tục kiện toàn bộ máy tổ chức để nâng cao năng lực hoạt động của đội ngũ cán bộ, hoàn thiện nhằm nâng cao chất lượng hoạt động theo hướng tinh gọn và hiệu quả

Năm 2000, trường Cán bộ Phụ nữ Trung ương và trường Cán bộ Phụ nữ Trung ương II được sáp nhập thành Trường Cán bộ Phụ nữ Trung ương. Từ tháng 7 năm 2002, thực hiện Nghị quyết đại hội Phụ nữ toàn quốc lần thứ IX, với sự chỉ đạo trực tiếp của Đoàn Chủ tịch Trung ương Hội LHPNVN, trường đã tiến hành nghiên cứu, xây dựng Đề án thành lập Học viện Phụ nữ Việt Nam. Để đưa các hoạt động đào tạo đi vào nề nếp và mang tính chuyên nghiệp, phòng Đào tạo đã được thành lập.

Nhằm chuẩn bị các điều kiện thành lập Học viện Phụ nữ Việt Nam, thống nhất hoạt động đào tạo và nghiên cứu, tháng 5 năm 2004, Trung ương Hội LHPNVN đã quyết định sáp nhập Ban Nghiên cứu thuộc Trung ương Hội LHPNVN về trường và thành lập Trung tâm Nghiên cứu Phụ nữ trực thuộc trường.

Bộ máy tổ chức lúc này bao gồm Ban Giám đốc (gồm 1 đồng chí giám đốc, 1 phó giám đốc phụ trách hành chính - quản trị, 1 phó giám đốc phụ trách Nghiên cứu, 1 phó giám đốc phụ trách Đào tạo và 1 phó giám đốc phụ trách điều hành các hoạt động của Phân hiệu) và 8 đơn vị trực thuộc: khoa Lý luận Mác-Lê Nin, khoa Nghiệp vụ Phụ vận, khoa Quản trị kinh doanh; phòng Tổ chức - Hành chính, phòng Đào tạo, Phân hiệu trường Cán bộ Phụ nữ Trung ương, Trung tâm Đào tạo & Nâng cao năng lực Phụ nữ và Trung tâm Nghiên cứu Phụ nữ. Trình độ của đội ngũ cán bộ, giảng viên trường đã nâng lên vượt trội so với trước.

Ngày 3 tháng 3 năm 2010, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành công văn số 380/TTg-KGVX phê duyệt chủ trương thành lập Học viện Phụ nữ Việt Nam trên cơ sở nâng cấp từ Trường Cán bộ Phụ nữ Trung ương.[5]

Với nỗ lực không ngừng đổi mới, đoàn kết, vượt qua mọi khó khăn, phấn đấu thực hiện tốt mục tiêu đào tạo, nghiên cứu, thực hiện tốt nhiệm vụ được giao phó, từng bước đáp ứng yêu cầu của công tác đào tạo bồi dưỡng cán bộ Hội các cấp, nhân kỷ niệm 50 năm thành lập thì vào ngày 8 tháng 3 năm 2010, Học viện Phụ nữ Việt Nam đã được đón nhận Huân chương Độc lập hạng Nhì.